共聚焦顯微鏡是一種掃描成像技術(shù)，通過與其他掃描技術(shù)（如掃描電子顯微鏡SEM）進(jìn)行比較，可以最好地解釋所獲得的分辨率。CLSM的優(yōu)點(diǎn)是，例如在AFM或STM中，不需要將探針從表面上懸垂納米級，例如，通過在表面上用細(xì)小進(jìn)行掃描即可獲得圖像。從物鏡到表面的距離（稱為工作距離）通?？膳c常規(guī)光學(xué)顯微鏡相媲美。它隨系統(tǒng)光學(xué)設(shè)計(jì)的不同而變化，但是典型的工作距離是幾百微米到幾毫米。

　　在共聚焦顯微鏡CLSM中，樣品由點(diǎn)激光源照射，每個(gè)體積元素都與離散的散射或熒光強(qiáng)度相關(guān)。在此，掃描體積的大小由光學(xué)系統(tǒng)的光斑大?。ń咏苌錁O限）決定，因?yàn)閽呙杓す獾膱D像不是無限小的點(diǎn)而是三維衍射圖案。此衍射圖樣的大小及其定義的焦點(diǎn)體積由數(shù)值孔徑控制系統(tǒng)的物鏡和所用激光的波長。這可以看作是使用廣角照明的傳統(tǒng)光學(xué)顯微鏡的經(jīng)典分辨率極限。但是，通過共聚焦顯微鏡，甚至可以改善寬視場照明技術(shù)的分辨率極限，因?yàn)榭梢躁P(guān)閉共聚焦孔以消除更高階的衍射圖。例如，如果針孔直徑設(shè)置為1艾里單位那么只有一階衍射圖樣會通過孔徑到達(dá)檢測器，而更高的階數(shù)會被遮擋，從而以稍微降低亮度的代價(jià)提高了分辨率。在熒光觀察中，共聚焦顯微鏡的分辨率極限通常受信噪比限制由熒光顯微鏡中通?？捎玫纳倭抗庾右鸬?。可以通過使用更靈敏的光電探測器或通過增加照明激光點(diǎn)光源的強(qiáng)度來補(bǔ)償這種影響。增加照明激光的強(qiáng)度可能會對目標(biāo)樣品造成過度漂白或其他損壞，特別是對于需要比較熒光亮度的實(shí)驗(yàn)。當(dāng)對屈光不同的組織（例如植物葉片的海綿狀葉肉或其他包含空氣的組織）進(jìn)行成像時(shí)，通常會損害共聚焦圖像質(zhì)量的球面像差。